Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) YPIQ Baubau berdiri sejak tahun 1993 yang dikelolah oleh Yayasan Pendidikan Islam Qaimuddin dengan akte notaris nomor 55 tanggal  28 September 1993 yang dipimpin oleh Bapak Sahiruddin udu, adalah sebuah lembaga pendidikan tinggi di kota Baubau propinsi sulawesi tenggara yang awalnya menyelenggarakan pendidikan jurusan Tarbiyah program studi pendidikan Agama Islam(PAI), Setahun kemudian (1994) membuat jurusan baru yaitu jurusan Dakwah prog. Bimbingan Penyuluhan Islam(BPI)

Berawal dari pembukaan jurusan tarbiyah program studi Pendidikan Agama Islam(PAI) dengan nama sekolah Ilmu Tarbiyah(STIT) YPIQ Baubau berdasarkan akte notaris nomor 55 tanggal 28 september 1993 dipimpin Bapak sahiruddin udu, Skolah Tinggi Ilmu Tarbiyah(STIT) YPIQ Baubau didirikan karna beberapa faktor antara lain:

1. Kepres Nomor: 9 Tahun 1987 yang merelokasikan beberapa fakultas dalam lingkungan IAIN di seluruh Indonesia termasuk IAIN Baubau direlokasikan ke gorontalo propinsi sulawesi Utara

2. Surat Rektor IAIN Alauddin Ujung Pandang nomor : D-l/PP.00.9 /459/1993 tanggal 13 Mei 1993 tentang penyetopan  penerimaan mahasiswa baru. Yang terhitung mulai tahun akademik 1993/1994 bahwa semua Filial dilingkungan IAIN Alauddin ujung pandang tidak diperkenangkan lagi menetima mahasiswa baru. Berdasarkan SK Rektor IAIN tersebut maka mahasiswa angkatan tahun sebelumnya tetap menyelesaikan studinya sampai pada tahun1997

Berdasarkan KEPRES di atas terhitung tahun tersebut IAIN Alauddin Baubau Fakultas Tarbiyah suda harus ditutup, tetapi atas restu Rektor IAIN Alauddin secara lisan sehingga Fakultas tarbiyah IAIN Alauddin Baubau masi dapat berjalan dengan status Filial.

Selanjutnya dengan adanya surat rektor tersebut diatas yang melarang menerima mahasiswa baru mulai tahun akademik 1993/1994 maka berarti terhitung 1993 perguruan tinggi Islam IAIN yang berdiri sejak tahun 1971, yang telah banyak memberikan andilnya dalam menyukseskan pembangunan di Buton secara berlahan akan hilang dibekas daerah kesultanan ini.

Kebijakan tersebut memberikan dampak yang kurang menguntungkan bagi masyarakat buton yang mayoritas Umat Islam. Sebab mereka telah berjuang terhadap keberadaan Fakultas tarbiyah IAIN Alauddin yang dimulai dari status Filial kemudian menjadi fakultas cabang, bahkan sebelum dikeluarkannya KEPRES Nomor : 9 Tahun 1987 telah sempat menjadi fakultas Madiyah yang dapat membuka program Doktoral yang pada akhirnya harus ditutup.

Berdasarkan kronologis tersebut diatas, sehingga beberapa Alumni IAIN dan tokoh masyarakat sebagai pengisiatif yaitu: Drs. H. Sahiruddin Udu (Ketua BAPPEDA Kab. Buton/kuasa dekan Fakultas Tarbiyah eks IAIN Alauddin ujung pandang filial Baubau.) Drs La Jadi Jaya, ( kepala kantor Departemen Agama kab. Buton), H. Amsyil Zanynu, BA,( tokoh masyarakat) Drs. La Madju Azali,(pengawas Pendais wilayah Buton), Drs. Aryad H. Anwar, (Dosen IAIN Alauddin/ sekretaris fakultas tarbiyah IAIN Alauddin ujung pandang Filial Baubau), dan Drs. Lutfi Hasmar, ( Kepala bagian Humas kantor BKDH Tk ll Buton).

Para pengisiator menemui bupati buton (Kolonel ZTI Saidoe) untuk meminta petunjuk guna kesinambungan pendidikan Islam di daerah eks kesultanan Buton ini. Atas petunjuk bupati buton maka para Inisiator melakukan pendekatan kepada pihak KOPERTAIS Wilaya VIII Indonesia Bagian Timur Ibu Dra. Hj. Rasdiyanah( Rektor IAIN Alauddin Ujung Pandang sekaligus menjabat sebagai koordinator KOPERTAIS WILYAH VIII Indonesia Bagian Timur, saat itu.).

Alhasil dari pertemuan tersebut, rektor IAIN Alauddin selaku Koordinator Kopertais Wilayah VIII menugaskan bapak wakil koordinatoor kopertais wilayah VIII (Drs. H. Muhammad Ahmad) datang ke Baubau untuk memberikan bimbingan, petunjuk serta solusi agar di Baubau tetap ada perguruan Tinggi Islam.

Berdasarkan bimbingan dan petunjuk dari wakil koordinator tersebut maka dibentuklah Yayasan yang menaungi pendidikan islam yang diberi nama: YAYASAN PENDIDIKAN ISLAM QAIMUDDIN karena hanya satu fakultas maka perguruan tinggi Islam Tersebut diberi nama Sekolahan Tinggi Ilmu Tarbiyah(STIT) Baubau, setelah kuliah berjalan beberapa bulan Drs H Sahiruddin Udu, selaku ketua STIT YPIQ Baubau pada saat itu bermohon ke koordinator Kopertais wilayah VIII untuk memperoleh Izin operasional.

Surat permohonan tersebut ditindak lanjuti oleh koordinator Kopertais wilayah VIII dan diterima ke Departemen Agama RI nomor 284 tahun 1994 tanggal 30  Juli 1994 tentang pemberian status terdaftar program sarjana S1 Jurusan pendidikan Agama Islam (PAI) dan Jurusan Bimbingan Penyuluhan Islam(Dakwah) Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) YPIQ Baubau Sulawesi Tenggara.

SK Tersebut ditanda tangani oleh menteri Agama Republik Indonesia (Dr. Tarmizi Tahir) pada tahun 1994, karena tuntutan dan peraturan pemerintah dalam hal ini Departemen Agama RI sekarang KEMENAG RI) bahwa semua perguruan tinggi dibawah naungan Departemen Agama RI Harus menyesuaikan diri dengan peraturan itu Sehingga Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah YPIQ Baubau beruba nama Menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam YPIQ Baubau.